人早已自木叶山迂回，以掩杀稻佐背面，辎重搬运的役夫，惊惶狼狈，弃车而走，官军亦崩溃。正面之萨军，乘势乱进，其状如洪水决口，绝难抵挡。山治少将欲将溃兵集结于后卫线，急驱就其地，偶有萨军处稻佐之歧路，加以狙击。坂谷大队长率兵卒两名，进战而死。时正黄昏，冻雨扑衣，硝烟塞面，咫尺之间，不辨敌我。两军混斗，白兵相逼，乃至赤手相博。真是一副活修罗场，其惨其凄，难以名状。”
“官军久苦战之，山治少将以其马既疲，换其吉平大佐之马。偶中弹丸，苦嘶奔逸，将陷敌中。未几，马毙，少将坠地。萨军挥铳迫之。大桥联队长以身翼蔽少将，因而陷入重围之中，白刃乱下。摺泽上尉亦鼓勇返战，遂中数弹。少将得间走，与一队共涉木叶川，得以到达寺田山。”
“官军败战又败战，未遑整顿队伍，而萨军尾击又急。依功力上尉、中山中尉等收拾溃兵数十，阻击稻佐之萨军。”
这一战政府军的具体伤亡并无准确数字，山治元治在当天的日记中也只是说：“本日大战，大桥联队长、吉平大佐战死。”大概是败得太惨，有意回避。
由于外围作战的失败，政府军对熊本城的合围也因此而打破，野津道贯冷静判断了局势之后，下令继续强攻熊本城，
从当时的兵力对比看，熊本一带的政府军至少城内的萨摩军多四至五倍，居于绝对优势。如果日本政府军与俄军密切配合，实行分割包围的战术，有可能将分兵把守熊本城内外的萨摩军各个歼灭。但由于野津道贯一心想要由政府军拿下萨摩军最后的堡垒熊本。以致丧失了有利战机。
9月2日。由永山弥一郎率领4800人。从长崎乘船前来增援熊本。政府军前来截击。野津镇雄亲自督战，所部政府杀伤萨摩军1000余人，夺得大炮两门，令一路政府军绕到侧后进攻，永山军两面作战，表现极为英勇。7日，政府军一再增援，永山军于血战七昼夜后失利。全军溃散，永山弥一郎见事不济，掏钱买下了一间民房，于其中。桐野利秋在得知永山死信之后慨叹：“我军丧失了一员无可替代的勇将。”永山弥一郎是在讨论起事问题时最反对举兵的人之一，而他的死，却并不见得比曾斥责他为“胆小鬼”的筱原国干，来得懦弱半分。
尽管战局不利，但萨摩军诸将依然率军英勇奋战，为了防止切断长崎与熊本间的陆上通路，贵岛清率领一队萨摩军出城。与14日起与政府军大战，击毙政府军甚多。左路中岛健彦部与边见十郎太部。于15日抵达海岸一带，掩护民众撤离。为了防止政府军来袭，萨摩在此处修筑了一座临时炮台，集中了带出来的所有大炮，派阿多壮五郎率1000余人防守，熊本守军则下降到了33000人，而政府军集结的攻城部队则达到了约60000人。
政府军从17日起，为打通进入熊本城的通路，连续四天猛攻熊本东门，并以80门大炮支持，势在必得，结果被筱原国干所部逐次击退。21日，政府军再度集结猛攻，并由俄军出动哥萨克马队千余人包抄，血战近五小时，终因城门内棉花仓库起火，东门陷于敌手，筱原国干率军退守堤头。此役萨摩军监军伊东直二阵亡，筱原国干所部伤亡3000余人，守卫东门的萨摩军官兵几乎全数阵亡于阵地之上。政府军伤亡近5000余人，道路上叠尸重重，人马几不能行进。
政府军进攻东门时，亦分别攻击光明寺、有马台、胜古神社一带，分别遭别府晋介、西乡小兵卫部击退。22日，林逸青又率奇兵队在南门击退了政府军的进攻。至此，萨摩军已与政府军血战12日，据外人记载：“萨兵虽少，皆拼死向敌而战，最可畏者，林逸青所部奇兵队耳；盖林军有进无退，每为各军之先，虽受枪炮，前者毙，后者又进，其猛处诚有非他军所可比拟者。”
23日，
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