当日，政府军攻进了熊本城，但只占据了大约一半的城区，萨摩军和城内居民早在街道上构筑了街垒，与政府军激战，萨摩武士分成小队，在街巷中来回冲杀，给政府军以极大杀伤，加上城内许多地方埋设了地雷，以至于政府军每前进一步，都要付出血的代价。
在熊本城北门、南门和东门都已经失陷后，西门成了城内守军的唯一逃生之路。之所以没有继续进攻西门，是野津道贯出于兵法上“围三阙一”的考虑，以此减弱城内守军的抵抗意志，但让他没有想到的，是城内守军并没有立刻从西门退出，而是继续同政府军作战，而城内的居民则在这时纷纷从西门逃出城外，这时野津道贯和政府军的将领们也才明白过来：熊本守军的坚持作战，是在给城内的居民撤离争取时间。
由于担心西乡隆盛等萨摩军魁首混在百姓之中逃跑，野津道贯试图对这些逃往海边的居民进行截击，但此时政府军主力大部攻进了熊本城内，加上城外萨摩援军宫崎八郎部的攻击，城外的合围阵地已经变得支离破碎，野津道贯想要截击撤出的城内居民，已然有心无力。
就在野津道贯准备抽调兵力截击的时候，令他震惊莫名的事发生了。
萨摩军再次发动了夜袭，竟然重新夺取了南门！
得到消息的野津道贯立刻放弃了截击撤退的熊本居民的计划，亲自组织兵力重新夺取南门，他判断能作到夜袭如此成功的。只有林逸青没有别人。是以派出了新组织的特攻队。决定借此机会，彻底消灭林逸青和他麾下的奇兵队。在得知林逸青可能亲自带队在南门作战后，山县有朋也不失时机的派出了山川浩大佐率领的拔刀队前去助战，大山岩在得知了消息后也派出了援兵。
但令野津道贯和山县有朋吃惊的是，不久他们便得到了回报，南门已然空无一人，只有满地的战死者的尸体。
野津道贯闻讯后亲自前往南门查看，山川浩向他报告。在他率军进抵南门后，并未遇到萨摩军的抵抗，他很快会合这附近的政府军，已经恢复了南门阵地。
这里满地的死尸——当中既有政府军的，也有萨摩军的——已经表明，这里有过一场可怕的激战。
尽管夺回了南门，但野津道贯却总有不安的感觉，他知道，如果林逸青作战的目的性很强，绝对不会在经过血战夺回南门之后。又突然将这里放弃的。
此时已是后半夜，交战双方都疲惫不堪。约过了一个小时，各处的枪炮声都停歇了下来，野津道贯随即下令全军固守阵地，以防止敌军在后半夜卷土重来，他将这里的防务交给了山川浩，自己返回了本营。
第二天天亮，政府军重新恢复了进攻，萨摩军的抵抗仍旧十分顽强，虽然政府军攻占了数条主要的街道，但萨摩军却利用城内的房屋作为掩护，以炸弹和装有燃烧物的坛坛罐罐向政府军攻击，狭窄的街巷中还埋有地雷，政府军苦战多时，伤亡惨重却难以前进，山田显义情急之下，下令纵火焚烧房屋，以烧死藏身在内的敌人，减少自身的伤亡，但纵火者没想到的是，风助火势，不但将萨摩军藏身的城区包围了，同时也延烧到了政府军已经占领的城区，结果导致熊本全城都燃起了熊熊大火，把自己人也烧死了不少。
这场大火足足燃烧了七天七夜，10月15日因为一场暴雨的到来，大火才渐渐熄灭，而熊本城也在这样一场大火中化为了灰烬。
大火后的熊本城已然成了一座死城，政府军随后在废墟中展开了搜索，到得弥漫着火烟和尸体焦臭气味，除了发现成千上万具焦尸之外，没有别的结果。
野津道贯认为西乡隆盛可能是效法了江藤新平的儿子江藤新作和佐贺城武士们与城同焚的举动，全部葬身于火海之中，于是他下令在大火的废墟中搜寻西乡隆盛、桐野利秋和林逸青等萨摩军首领的尸体，但
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