在刘媛和王勇回到过去时代留恋忘返的同时，机械帝国的继任者琼开始了第一轮对自然人类联盟的战争，其实人类和机器人之间并没有什么不可调和的深刻矛盾。
[万书楼]机器人占有无生命的荒芜行星，自然人类占有有机生物生存的有生命行星，机器人属于高智慧的无机生物，而人类属于高度文明的有机生物，无论在生存环境上、还是生活目标上都不应该有发生战争的可能。
但是由于人类和机械帝国之间都需要迅速发展，也都需要更多的能源和资源，最终两者围绕着矿产行星的归属展开了真正意义上的宇宙战争。
在以往的双星战争之中，虽然火星人也听说过落入机械帝国之后的悲惨后果，但是直到这次战争中，才真正意识到机械帝国的残忍之处。
机械帝国的先遣队，居然是在木卫二上俘虏的人类战士，机械帝国在注射毒素杀害了这些人的大脑之后，利用埋藏在脊椎中的通讯元件进行远程控制，居然将这些自然人类改造成为了半人半机械的僵尸战士，当火星超级战士看到自己同胞组成的僵尸军队举起武器向着火星人的阵地冲杀过来的时候，都感觉到一阵阵的不寒而栗。
他们自觉地向阵地后方退避了几百米，默默向这些牺牲在木卫二上的火星战士们低头致敬，然后才含泪举起了武器，战争开始了。
在来自z星的援军帮助之下，人类联盟的第一次反击战击退了机械帝国的军队。
与火星军队采取了人类超级战士为主，战斗机器人为辅的队形不同的是，机械帝国采用了巨型战斗机器人为主、人类超级战士为辅的军队构成。所以整个战争进行过程中，火星战士都是在与战斗机器人作战。这使得火星超级战士在牺牲巨大的同时，也灵活机动地打击了对方的战斗机器人编队。与人类随机应变的机智相比，威力巨大但是缺乏战术的机械帝**队遭到了极其严重的打击。
王勇的离去对于机械帝国的军事力量是一个严重损失，许多克隆人战士因此离开了机械帝国成为荒星隐士，机械帝国的实际控制区域大大降低。
机械帝国根本没有熟悉军事的将领。
战无不胜的机械帝国遭到了双星联盟的沉重打击。
虽然损失掉的机器人可以通过在荒芜行星采集的矿物迅速补充上，克隆人战士数量也可以通过生育中心加速生产来予以补充。
但是首次战争的失败对于机械帝国的自信心打击很大，使得机械帝国的军队里因此充满了一种人类联盟不可战胜的畏难情绪。
再加上刘媛重返火星，火星军队士气大振，琼不得不与双星联盟签订了停战协议。
而刘媛归来后也修改了火星宪法，决定赋予克隆人和人类同等的社会权利，不再将其视为高等生物机器人，使得一部分不满机械帝国的木卫二克隆人居然叛逃火星。
也就在这个时候，王勇列为继承人的王殇20号在凯蒂的一再请求下，设法帮助凯蒂母子俩出逃，从木卫二逃往遥远的火星。琼闻讯后一怒之下，将生性残忍的王殇47号列为机械帝国的继承人，在发布机械帝国通缉令的同时，将木卫二残存的自然人类全部投入虚拟监狱。
