刘元的离去也是一件很意外的事情，当时人类火星基地已经成为宇宙重要的星际贸易中心和军事重镇，刘元在媛媛行星上和孙女刘媛过着埋头宇宙学研究的闲适生活。[萬書樓]利用退休后的大段空余时间，刘元已经勘察了附近的许多荒芜行星，并且搜集了许多关于宇宙学的资料和数据，李未为他提供了一艘当时最快最先进的宇宙飞船，足够他在宇宙中四处漫游考察时使用。
但就在他踌躇满志，想要在宇宙研究方面有所突破的时候，一个关于李芷的消息使得他误入歧途。
据说事发的当天早晨刘元收到了一个来自火星的情报，说是在宇宙边缘发现了一个时空断裂带，在那里的一座荒芜行星上发现了一群史前人类，其中一位女王的形象很像是李芷。
刘元听说后打开了附件中的一段摄像，发现那位女王果然是当年的李芷，他不假思索地登上宇宙飞船就离开了媛媛行星，由于路途遥远，他只携带了简易战甲，沿着情报指示的地图前往的，之后不久就与媛媛行星永远失去了联系，失踪在茫茫星河之中。
对于刘元的神秘失踪，人们一直是众说纷纭，有些人认为刘元后来找到了李芷，一起归隐于茫茫的历史长河之中；还有人认为刘元被卡廷所暗害，当然对此卡廷并没有公开承认；还有人认为刘元在时空断裂带被遭到时空风暴袭击后抵达遥远的过去，宇航飞船失灵而被永远滞留在过去时空之中。
后来经过李未详细调查，认定这其中包含有一个阴谋，因为那份来自火星的情报其实并非出自火星情报部门，而是来源自位于宇宙边缘的一个机器人情报站。后来李未的女儿李苑为此专程去了那座接近z星人军队驻地的荒芜行星，发现那里的机器人情报站曾经被z星军队占领过。她自己还因此被z星军队追击，幸亏附近荒芜行星上有火星超级战士援救才幸免于难。但是卡廷一直并不承认对此事件负责任，一再公开宣称刘元失踪与自己毫无关系。
在刘元失踪后不久，火星就和z星人之间展开了星际大战，很多人猜疑是为了寻找刘元的缘故。但是刘元的孙女刘媛对此失踪案件一直没有公开表态，刘媛后来借助火星军队的力量成为火星第四任执政官，在创造了火星极度繁荣之后，与克隆人王勇缔造的后机械帝国发生战争，刘元失踪案成为火星历史上一个永恒的历史之谜。
刘元失踪后火星基地倒并没有什么震动，很多火星人已经熟悉了刘元穿着超级战甲四处考察的身影，所以大多数火星人认定刘元是在考察荒芜行星时遇到了飞行故障而被搁置了，总有一天还会回到他们的身边来。因为正如“元”这个名字在古汉语中的寓意，既然开发宇宙的一切才刚刚开始，那么就应该满怀希望地埋头苦干，将茫茫宇宙真正建设为人类未来的美好家园。
