该协议旨在协同解决三国在各自贸易据点势力范围以外发生的涉及到三国利益的事件，文本虽然很长，但其核心内容其实就是三项：一是划定了帝汶岛三国的“直接全权执法区域”——其实就是领土，二是荷兰承认欧库西地区属于葡萄牙帝汶总督辖区，作为交换条件，葡萄牙帝汶总督承认古邦及其周边地区为荷兰东印度公司辖地——此前，葡荷双方均不承认对方占据的土地具有法理效力。
同时条约还规定，澳洲联邦的新安城总督辖区包括整个新安江两岸两公里的土地，直至帝汶岛中部的地形制高点——塔塔迈劳山主峰。此外澳洲联邦还获得了一块从欧库西地区以西的马卡萨河入海口到帝汶岛南部海岸的另外一个狭长地带的管辖权。
马卡萨河是一条南北走向的小河，发源于欧库西地区南部的山区，向北流入萨武海，过去是欧库西人抵御荷兰人和土著部落骚扰的天然屏障，如今划归澳洲联邦所属，显然这意味着澳洲人承担起了保护欧库西城安全的职责。
该协议的第三项核心内容是：葡荷澳三国公民可以在上述所有区域自由从事投资、经商、居住、工作、旅行和传教等合法活动，并受所在国的法律保护。
总而言之，该协议第一和第二项的核心就是瓜分帝汶岛的土地，划定三国各自的势力范围。
然而对于葡荷双方而言，该协议的签署还有相互承认对方在帝汶岛上的利益并且要长期维持现状的意思——从某种意义上讲，应该算是两国签署的一项和平协议——旨在结束葡荷两国在帝汶岛长达半个世纪的土地和贸易纷争，让双方从此进入和平竞争状态，显然，这是澳洲联邦从中斡旋后取得的外交成果。
显而易见的是，协议的第三项核心内容则完全贯彻了澳洲人的主张----那就是：“门户开放，利益均沾”。
在这个理念之下，《欧库西条约》实际上让整个帝汶岛变成了一个“自由贸易区”，这一点非常有“澳洲特征”。
后来的事实证明，《欧库西条约》是一份皆大欢喜的多边协议，首先，葡萄牙人终于“从法理上”获得了帝汶岛从东海岸到西部大约三分之二的土地——总面积大约有两万平方公里，而荷兰人也颇有收获：以古邦城为中心的帝汶岛西部约六千平方公里的土地变成了荷兰东印度公司古邦总督辖区的领地。
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